1、应用于果蔬汁的生产中，可以在果蔬汁的压榨或澄清工艺中添加，起到降低果汁粘度、澄清果蔬汁、提高收得率的作用。
2、应用于葡萄酒生产中，可起到提高葡萄出汁率、改善酒的色泽和增加葡萄酒香气的作用。
3、应用于植物提取行业中，可以协同其他纤维素和半纤维素酶类共同破解植物细胞壁，促进有效成分的溶出，提高收得率。
果汁澄清时果胶酶的用量和作用条件，因果实的种类、品种、成熟程度以及酶制剂的种类和活力不同而不同。干酶制剂用量一般为2～4g/L；反应温度45～55℃，反应时间l～3h。葡萄汁用0.2％的果胶酶在40～42℃下放3h，即可完全澄清。苹果汁澄清，果胶酶最高用量为3％。酶制剂可在榨出的新鲜果汁中直接加入，也可在果汁杀菌后加入。
使用果胶酶脱除莲子内皮、蒜内膜、橘子囊衣时，通常将其放入pH为3.0的酶液中，在温度低于50℃下搅拌1h左右即可，过滤后酶液可反复使用。橘子(罐头制品)经脱囊衣后果味浓郁，品质提高。
另外，果胶酶还可结合吸附剂(明胶、硅藻土等)使用，如酶制剂加入果汁作用20～30 min后再加入明胶，在30～40℃条件下进行澄清，效果较好。
果胶酶按产品性状可分为液体状及粉状两大类，对于处理果汁、葡萄酒、植物提取等，使用液体状更为方便。对于粉状的果胶酶，使用10-20倍于果胶酶重量的温水解后添加物料里；液体状的果胶酶可直接加入底物，注意折拌均匀即可。具体操作流程如下：
1、葡萄酒工艺流程：将葡萄除梗破碎装桶→ 先加入偏重亚硫酸钾杀菌→ 半小时后加入果胶酶溶液（注意不能和皂土一起使用）；
2、果汁生产工艺流程：水果挑选 → 清洗 → 修整 → 破碎（加酶）→ 热处理 → 榨汁（加酶） → 二次榨汁 （加酶）→ 加热 → 冷却 → 加入果胶酶澄清 → 灭酶 → 过滤 → 调配 → 灭菌 → 装瓶 → 杀菌 → 冷却 → 产品；
3、植物提取工艺流程：将植物进行破碎 →将植物进行3-6小时的润水→按1：5或1：8的比例充分润水的底物均匀放入水浴中，用符合相关等级的酸（如草酸、乙酸、柠檬酸）调整水浴的PH3.5-4.5→升温45-55℃加酶→水解6-24小时→升温90℃灭酶15min→过滤→浓缩→产品。
果胶酶也称多聚半乳糖醛酸酶等，分解植物果胶质。工业上一般由曲霉菌发酵生产果胶酶。
(1)分类商品果胶酶制剂中含有三种酶类，分别为原果胶酶、果胶酯酶和聚半乳糖醛酸酶。
①原果胶酶：可以把不溶于水的原果胶分解为可溶于水的高聚合体果胶；
②果胶酯酶：脱去果胶中的甲氧基基团，促使果胶的脱甲酯作用；
③果胶解聚酶：促使果胶中D-半乳糖醛酸的α一1，4糖苷键的裂解。
(2)性质 呈灰白色粉末或棕黄色液体，溶于水，不溶于乙醇；最适作用温度为40～50℃，最适pH为3.5～5.5，一些金属离子对酶有显著的抑制作用，多酚物质对其也有抑制作用。在低温和干燥条件下失活较慢，保存1年至数年活力不减。
