食用菌含有丰富的蛋白质和氨基酸，其含量是一般蔬菜和水果的几倍到几十倍。如鲜蘑菇含蛋白质为1.5-3.5%，是大白菜的3倍，萝卜的6倍，苹果的17倍。1公斤干蘑菇所含蛋白质相当于 2公斤瘦肉，3公斤鸡蛋或12公斤牛奶的蛋白量。食用菌中赖氨酸含很丰富， 含有组成蛋白质的18种氨基酸，和人体所必需的8种微量元素。谷物食品中含量少的赖氨酸，食用菌中含量也相当丰富。食用菌脂肪含量很低，约占干品重量的0.2%-3.6%，而其中74-83%是人体健康有益的不饱和脂肪酸。食用菌还含有维生素，食用菌富含的VB1、V12， 都高于肉类，草菇Vc含量为辣椒的1.2～2.8倍，是柚、橙的2～5倍，香菇的17倍。香菇Vd原含量高达128国际单位，是紫菜的8倍，甘薯的7倍，大豆的21倍。VD原经紫外线照射可转化为VD，促进对钙的吸收。 食用菌还富含多种矿质元素：磷、钾、钠、钙、铁、锌、镁、锰、等及其他一些微量元素。银耳含有较多的磷，有助于恢复和提高大脑功能。香菇、木耳含铁量高。香菇的灰分元素中钾占65%，是碱性食物中的高级食品，可中和肉类食品产生的酸。
1、竹荪：富含人体必需多种矿物质和维生素，营养价值高，其特点是蛋白质高，脂肪低，对人的健康非常有利。具有健脾益胃、补气止痛和解腻减肥之功用，可治疗弱症、伤症和咳嗽等病症，对降低高血压、高胆固醇等症有一定疗效。
2、杏鲍菇：具有追风散寒、舒筋活血、降低血压、降低血糖、降低胆固醇等功能。适宜于肠胃功能衰退、高血压、高血脂、高胆固醇等病人食用。
3、草菇：富含维生素C，常吃草菇，可促进新陈代谢，加速伤口愈合，草菇中含有的异蛋白可抑制癌细胞生长，主要用于消化道肿瘤。能加强肝、肾的活力，保护肝脏功能，增强机体免疫力，减少体内胆固醇含量，对预防高血压、冠心病有益、有解毒、滋阴壮阳、抗坏血病、健胃功效。
4、牛肝菌：具有提高免疫力、增加巨噬细胞吞噬、抵制肿瘤活性、抗流感病毒、舒筋活血、补虚提神等方面功能。适宜感冒咳嗽、食积、脘腹胀满、水肿病人食用。
菇类的蛋白质含量一般为鲜菇1.5-6%、干菇15-35%，高于一般蔬菜，而且它的氨基酸组成比较全面，大多菇类含有人体必需的八种氨基酸，其中蘑菇、草菇、金针菇中赖氨酸含量丰富，而谷物中缺乏，赖氨酸有利于儿童体质和智力发育，金针菇在日本更是称为"增智菇".菇类含有多种维生素和多种具有生理活性的矿质元素。如VB1、VB12、Vc、Vk、VD及磷、钠、钾、钙、铁和许多微量元素，可以补充其它食品中的不足。
食用菌中含有生物活性物质如：高分子多糖、β－葡萄糖和RNA复合体、天然有机锗、核酸降解物、cAMP和三萜类化合物等对维护人体健康有重要的利用价值。食用菌的药用保健价值有：
1、癌作用：食用菌的多糖体，能刺激抗体的形成，提高并调整机体内部的防御能力。能降低某些物质诱发肿瘤的发生率，并对多种化疗药物有增效作用。此外栗蘑中富含的有机硒，可作补硒食品，若长期食用，几乎可以防止一切癌变。
有机食用菌生产的特殊要求：欧盟、美国和日本都对有机食用菌生产提出了特殊性要求和标准，而且绝大部分内容都是一致的，具体体现在以下几个方面：
1、食用菌栽培不是以土壤为生产介质的，因而它不需要经历从非有机生产到有机生产的转化过程，这一点与其他农作物是有显著区别的。开展有机食用菌生产，一般只要在上一个非有机生产周期结束后，做好必要的卫生和准备工作，就可以引入有机生产管理。
2、食用菌生产是以各种农林废料(农作物秸杆、木屑等)为主要原料的。发达国家和地区要求栽培有机食用菌的培养料必须绝对来自有机原料。
发展有机食用菌产业，重点应解决好以下两个问题
1、当前，有机食用菌生产原料不足，已成为制约有机食用菌产业发展的瓶颈。根据英国媒体报道，该国就由于无法获取充足的有机稻草和动物粪便，而不得不减少有机食用菌的产量。因此，寻找或开发新的有机原料资源已到了刻不容缓的地步。
有机食用菌是指子实体硕大、可供食用的蕈菌（大型真菌），通称为蘑菇。中国已知的食用菌有350多种，其中多属担子菌亚门，常见的有：香菇、草菇、蘑菇、木耳、银耳、猴头、竹荪、松口蘑（松茸）、口蘑、红菇、灵芝、虫草、松露、百灵和牛肝菌等；少数属于子囊菌亚门，其中有：羊肚菌、马鞍菌、块菌等，上述真菌分别生长在不同的地区、不同的生态环境中。
根据高等大型真菌的生物学和生态学特点，以及我国菌物科学家长期以来致力研究开发的进展，许多名贵珍稀菇菌已被人们驯化栽培，形成产业化商品上市的结果，使名贵珍稀菌的类群的划分也发生了新的变化。这里以现有观点，综合刘贵培等(2009)的划分，大体分为以下三类。
1、濒危类主要是那些菇种因其独特的生物学特性及对生境要求或因产地分布区域极为狭窄，栖息地或宿主遭到严重破坏，导致种群数量急剧下降，甚至几近绝迹，而且残存的种群仍受到严重的威胁。诸如块菌、松茸、干巴菌、冬虫夏草等。据云南贸易真菌多样性调查考察，濒危类群菇菌只占整个菌物类群的1.1%，说明品种极少，且处境极为濒危。此类品种已引起重视，如松茸已列入国家二级保护植物。
