1、安全性：生产全过程监控，产前、产中、产后三个生产环节严格把关，发现问题及时处理、纠正，直至取消无公害食品标志。实行综合检测，保证各项指标符合标准，如粮食有20个项目22项指标，蔬菜有19个项目21项指标;实行归口专项管理：根据规定，省农业行政主管部门的农业环境监测机构，对无公害农产品基地环境质量进行监测和评价;实行抽查复查和标志有效期制度。
2、优质性：由于无公害食品(农产品)在初级生产阶段严格控制化肥、农药用量，禁用高毒、高残留农药，建议施用生物肥药，及具有环保认证标志肥药及有机肥。严格控制农用水质(要达到Ⅲ类以上水质)，因此生产的食品无异味，口感好，色泽鲜艳;在加工食品过程中无有毒、有害添加成份。
农业部农产品质量安全中心内设办公室、技术处、审核处、监督处四个职能部门，下设种植业产品、畜牧业产品和渔业产品三个认证分中心。根据认证工作的需要，遵循“择优选用、业务委托、合理布局、协调规范”的原则，紧紧依托国家和农业部已有的检测机构，建立遍布各省、覆盖中国的无公害农产品认证检测体系。
建立和完善无公害食品标准体系，是全面推进“无公害食品行动计划”的重要内容，也是开展无公害食品开发、管理工作的前提条件。中国农业部2001年制定、发布了73项无公害食品标准，2002年制定了126项、修订了11项无公害食品标准，2004年又制定了112项无公害标准。无公害食品标准内容包括产地环境标准、产品质量标准、生产技术规范和检验检测方法等，标准涉及120多个(类)农产品品种，大多数为蔬菜、水果、茶叶、肉、蛋、奶、鱼等关系城乡居民日常生活的“菜篮子”产品。无公害食品标准以全程质量控制为核心，主要包括产地环境质量标准、生产技术标准和产品标准三个方面，无公害食品标准主要参考绿色食品标准的框架而制定。
地市级工作机构自收到申请材料、县级工作机构推荐意见之日起15个工作日内(直辖市和计划单列市的地级工作合并到县级一并完成)，对全套材料(申请材料和工作机构意见，下同)进行符合性审查。符合要求的，报送省级工作机构。
省级工作机构自收到申请材料及推荐、审查意见之日起20个工作日内，完成材料的初审工作，并组织或者委托地县两级有资质的检查员进行现场检查。通过初审的，报请省级农业行政主管部门颁发《无公害农产品产地认定证书》，同时将全套材料报送农业部农产品质量安全中心各专业分中心复审。
各专业分中心自收到申请材料及推荐、审查、初审意见之日起20个工作日内，完成认证申请的复审工作，必要时可实施现场核查。通过复审的，将全套材料报送农业部农产品质量安全中心审核处。
1. 无公害食品产地环境质量标准
无公害食品的生产首先受地域环境质量的制约，即只有在生态环境良好的农业生产区域内才能生产出优质、安全的无公害食品。因此，无公害食品产地环境质量标准对产地的空气、农田灌溉水质、渔业水质、畜禽养殖用水和土壤等的各项指标以及浓度限值做出规定，一是强调无公害食品必须产自良好的生态环境地域，以保证无公害食品最终产品的无污染、安全性，二是促进对无公害食品产地环境的保护和改善。
2. 无公害食品生产技术标准
无公害食品生产过程的控制是无公害食品质量控制的关键环节，无公害食品生产技术操作规程按作物种类、畜禽种类等和不同农业区域的生产特性分别制订的，用于指导无公害食品生产活动，规范无公害食品生产，包括农产品种植、畜禽饲养、水产养殖和食品加工等技术操作规程。从事无公害农产品生产的单位或者个人，应当严格按规定使用农业投入品。禁止使用国家禁用、淘汰的农业投入品。
