在富营养水体中“水华”频繁出现。随着水体富营养化的发展，水华面积逐年扩散，持续时间逐年延长。太湖、滇池、巢湖、洪泽湖都有“水华”(蓝藻)，就连流动的河流，如长江最大支流——汉江下游汉口江段中也出现“水华”(硅藻) 。淡水中蓝藻“水华”造成的最大危害是：通过产生异味物质和蓝藻毒素，影响饮用水源和水产品安全，特别是蓝藻的次生代谢产物——微囊藻毒素(Microcystin，简称MC)通过干扰脂肪代谢引起非酒精性脂肪肝，长期慢性MC染毒可导致巢湖渔民的肝脏损伤 ，具有促癌效应。
此外，MC还可使胆囊变硬与萎缩。因此，日益严重的蓝藻水华所产生的微囊藻毒素对人类健康和生存的威胁正在不断增大 。此外，自来水厂的过滤装置被藻类“水华”填塞，漂浮在水面上的“水华”影响景观，并有难闻的臭味。由于水源地蓝藻水华的堆积与厌氧分解，使自来水出现恶臭，导致水污染事件，譬如，2007年太湖蓝藻污染事件。所以每次发生水华现象都会给人类和自然界带来损失或灾害。
首先，对湖泊生态系统本身造成破坏。在正常情况下，氧在水中有一定溶解度。溶解氧不仅是水生生物得以生存的条件，而且氧参加水中的各种氧化-还原反应，促进污染物转化降解，是天然水体具有自净能力的重要原因。由于城市污水中含有大量有机污染物，其被排入湖体经降解释放出氮、磷等营养元素，促进水中藻类丛生，植物疯长，使水体通气不良，溶解氧下降，甚至出现无氧层，以致使水生植物大量死亡，水质变黑，水体发臭形成“死湖”，进而变成沼泽。富营养化的水臭味大、颜色深、细菌多，这种水的水质差，不能直接被利用。
其次，影响工农业生产。湖泊水质受到污染后，工业用水必须投入更多的处理费用，造成资源、能源的浪费，食品工业用水要求更为严格，水质不合格，会使生产停顿。这也是工业企业效益不高，质量不好的因素。农业使用污水，使作物减产，品质降低，甚至使人畜受害，大片农田遭受污染，降低土壤质量。
影响水华的条件：
1、水化的首要条件是营养物质，富营养化的营养元素N和P，其中P的作用相对重要，氮磷比例达到一定程度就容易形成水华。
2、温度也是一个重要因素，一般温度较高的时候或者温差变化较大就容易形成水花，很多时候我们看到水面一夜间形成水华，实际不是这样，很多时候藻类悬浮在水中，达到一定温度后，他们就会浮上来。
3、湍流程度，相对来说流动性差的水更容易发生水华，也就是我们所说的死水，例如池塘，这是比较重要的因素，例如像海湾地区就容易出现水华。
4、其他因素，光照、微量元素等。
导致水华发生的重要的因素之一就是水体的富营养化。当藻类大量生长时，这些藻类常在下风头水面漂浮形成一层蓝绿色或红黄色的水花或薄膜——湖靛。虽然藻类生长很快，但因水中的营养盐被用尽，它们也很快的死亡。藻类大量死亡后，在腐败、被分解的过程中，也要消耗水中大量的溶解氧，并会上升至水面而形成一层绿色的黏质物，使水体严重恶臭。而造成水华现象的出现，主要原因还是水域沿线大量施用化肥、居民生活污水和工业废水大量排入江河湖泊，致使江河湖泊中氮、磷、钾等含量上升。
湖泊等水体的富营养化依然是我国目前以及今后相当长一段时期内的重大水环境问题。研究蓝藻水华的形成机制，对于科学预测湖泊中蓝藻水华的产生，并采取相应措施减少其带来的影响具有重要的生态和环境意义。对水华的形成需要全面认识，营养盐浓度的升高可能仅是蓝藻水华形成、且人们可以加以控制的因素之一;在探索水华成因时，不能仅仅局限于夏季蓝藻水华发生时环境特征的研究与观察，而应该提前关注蓝藻的越冬生理生态特征、春季复苏的生态诱导因子及其阈值以及在复苏后，蓝藻如何在生长过程中形成群体，并逐步成为湖泊水生生态系统中的优势种乃至形成水华的过程。并需要对蓝藻越冬的生存对策、蓝藻群体的形成的条件、蓝藻在春季复苏的触发条件及其生态阈值、以及蓝藻在与其它藻类种群竞争中取胜的生理生化特征有足够的认识。
