药物流产后胎囊一般会在当天排出，但是也会出现妊娠组织排出不完全的情况，致使子宫膜难以恢复，出现阴道持续性出血，可能会持续2~3周，严重者还会持续1~2个月。这样长期的持续性失血很可能导致贫血症的发生，还可能引发子宫内膜炎。
近年来，很多妇女都因为药流不干净，需要到医院做清宫手术，从而引发妇科炎症。更严重者，甚至会出现不孕的悲剧。之所以会这样的原因是，在药物流产中，其中起主要作用的药物是米非司酮。而这种药物才出现至今只有十几年，所以其临床上运用的试验还不够充分、详细。目前，药物流产的成功率仅为75%。
药物流产不彻底所致使的危害还包括：输卵管阻塞、子宫和卵巢损害等，从而致使不孕的发生，对孕妇造成无可挽回的伤害。
1、感染：各型流产都可以合并感染，发生于不全流产者比较多。感染可局限在子宫腔内，也可以蔓延到子宫周边，以至超出生殖器官而生成腹膜炎、败血症。
2、大失血：有时候不免流产或不全流产可导致严重大失血，以至休克。
3、胎盘息肉：可致成严重子宫出血，多于流产后几星期内发生。
4、急性肾功衰竭：自然流产后可因为急性大量失血及严重感染发生休克而引发急性肾功衰竭。
5、子宫复旧不好。
当然危害大的，如果经常做人流手术，时间长了就很容易导致月经不调。月经对于女性来讲也是很重要的，如果月经失调长期不处理，就会影响女性正常生理，甚至还会因为人流手术而引起子宫穿孔症状。妊娠时间不长，那么此时胎儿还没有发育，只是一个小小的胚胎，所以在手术过后子宫内膜会受到很大的损害。
人流手术后也很容易将软而薄的子宫壁穿通，所以很多人出现了子宫穿孔，在子宫穿孔过程中患者可能会出现宫颈口扩张，如果速度太快，宫颈部位就会受到很大的危害，到时候还会有感染的几率发生，也会因此而引起宫颈炎或者是宫颈糜烂等疾病。
做完人流手术后很多人会有不完全流产的后果，如果出现了不完全流产，那么子宫内就会残留一些胚胎，这种情况清理不干净肚子会时不时痛，还会影响女性的正常生活。这些其实是因为在手术过程中操作不当的原因造成的，做完人流手术后还会引起子宫收缩，也会发生术后粘连。
