2015年12月29日，深圳市报告了1例H5N6流感病例。该病例为深圳首例，全球第5例H5N6流感病例。此后， 深圳市疾病预防控制中心与华大基因合作，立即对患者咽拭子样本和活禽市场外环境样本分离出的H5N6流感病毒进行基因测序。2016年1月3日上午10时，完成了全基因组序列分析。
分析结果表明，患者样本中H5N6病毒HA、NA基因与2014年广东省从鸭只中分离的H5N6病毒高度同源，同源性>98%；与深圳市2014年活禽市场外环境分离出的H5N6病毒高度同源，同源性>98%；与深圳市2015年12月份来自外环境标本分离出的3株H5N6病毒高度同源。
深圳市疾病预防控制中心和华大基因经过测序分析认为，目前深圳市活禽市场外环境存在H5N6流感病毒，本次报告病例的病毒与活禽市场外环境的病毒高度同源，从生物信息学角度证实本次病例是因接触活禽或市场外环境感染的。因此减少人与活禽密切接触的机会，可有效预防人感染H5N6流感。
“我们发现感染人的基因来源比较复杂，至少经历Ｈ５Ｎ１流感病毒与Ｈ６Ｎ６流感病毒的重配，然后重配的Ｈ５Ｎ６流感病毒再与Ｈ９Ｎ２流感病毒重配，产生目前感染人的Ｈ５Ｎ６流感病毒。具体的病毒重配过程，我们还在深入研究中。”深圳市疾病预防控制中心相关负责人介绍。
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2014年5月，H5N6禽流感病毒病例是一名49岁的男性患者，有病死家禽接触史，家住南充市南部县，临床诊断为急性重症肺炎，经省、市联合专家组全力抢救无效死亡。
2014年12月22日，广东省卫生计生委从1例重症肺炎病例中检测出H5N6禽流感病毒核酸阳性，中国疾病预防控制中心进一步复核检测结果为甲型H5N6禽流感病毒核酸阳性。患者为男性，58岁，现住广州市番禺区，曾于去年进行结肠癌手术，目前病情危重，在广州市的定点医院收治住院。1月中旬，该患者被成功救治，转入普通病房。1月30日，全球首例H5N6流感活体病例成功救治情况通报会在广医一院举行。钟南山院士在会上指出，检测发现H5N6病毒聚合酶627位点突变，容易感染人类；首例成功救治个案证实，新病毒只要及早用奥司他韦等抗病毒，病例可治可救。
2015年7月9日，云南省卫生计生委从1例重症肺炎病例中检测出H5N6禽流感病毒核酸阳性。患者为女性，37岁，住迪庆藏族自治州香格里拉市，7月6日发病，7月9日到迪庆州某医院就诊，并收入该院治疗；7月10日，患者经积极抢救无效死亡。7月11日，经组织专家进行会诊和研判，结合病例的临床表现、实验室检测结果以及流行病学史，诊断该病例为人感染H5N6禽流感病例。
2015年8月12日，广东省农业部兽医局接到通报，通报中指出广东清远一家养殖场出现疑似H5N6禽流感。接到通报后，该农业部兽医局立刻组织人员前去调查。最终被证实该养殖场禽鸟确实得了H5N6禽流感。目前将近3万只禽鸟已经被扑杀处理。
据了解，疫情发生后，广东省农业厅高度重视，立即派专家到现场指导应急处置工作，同时紧急下拨清远市5吨消毒药用于消毒灭原。不仅如此，当地有关部门还对疑似疫点进行了封锁，并对疫点家禽养殖场存留的820只家禽进行了扑杀以及无害化处理，全面清洗消毒。
农业部通报确认疫情后，佛冈县委、县政府也对此事高度重视，发出疫区封锁令，同时决定对疫区3公里范围内13个禽鸟养殖场38110只禽鸟进行全面的扑杀处理。经对全县家禽排查，目前还没有出现异常情况。
深圳2015年12月29号报告的一例H5N6流感病例患者，因抢救无效，已于12月30号下午死亡。
2016年1月1日，肇庆市发现1例H5N6病例。患者何某，女，40岁，现住肇庆市端州区。目前患者病情危重，在肇庆市的定点医院隔离治疗。
