被整体打捞出水的“东方之星”客轮，在经过救援人员紧急安装排水设备向外排水后，船体重量有所减轻，部队官兵则紧急进入舱体进行破拆清理协助搜救。官方公布数据显示，截至6月6日12时，载客456人的“东方之星”遇难人数已经上升至396人，目前14人生还，仍有46人失踪。
6月6日，“东方之星”舱体搜寻继续展开，参与搜救官兵表示，不放过任何一个角落。
5日18时50分，翻沉江底4天4夜的“东方之星”被整体打捞出水。记者6日在现场看到，“东方之星”在经过本次事故后破损严重，其中位于顶端的第四层受挤压变形为扁平状，船顶的桅杆、烟道等设备已经脱落，部分房间门窗已严重变形。
“东方之星”被扶正并整体起浮打捞出水后，长江航道救助打捞局迅速组织18名救援人员，穿上全套防化服，登上还没来得及进行消杀处理的“东方之星”船舱，安装多套大型抽水泵对船体进行抽水，以求尽快恢复船舶的自浮能力。随即防疫专家进入洗消防疫作业。
为便于进入舱体内部搜寻，根据总指挥部指令，湖北消防总队当晚派出了三批约100人的队伍，携带破拆、照明、救生防护、转移提供器材、协助清理等5个小组，分别于当晚10时至6日早8时赶到现场，随即对船体进行破拆清理，重点是破折船体内变形房门，打通堵塞的通道，对倒扣在江底第四层船顶整体破折。
由于现场情况复杂，船体受损变形严重，很多通道、房门被堵塞，消防官兵只能沿船道开始破拆前行搜救，由于变形的房间内，空间及其狭小，清理搜救难度越来越大。
据现场消防官兵介绍，凌晨4时30分左右，在清理到底层的一房间时，遇到了最大难度挑战。一位遇难者被困压在二、三十根铁链中间，没有一点空隙，为保证遗体不受伤害，官兵们只能对铁链一根一根的进行切割破拆。然而在切割过程中，房间内的一根铁钉扎进了荆州消防支队特勤中队排长欧阳平的左脚，面对随时有被感染的危险，但他没有离开现场，仍然与一名战友轮番切割将近3个小时才将所有铁链全部剪断，成功将遇难者遗体抬出。
与此同时，解放军部队官兵逐层、逐间进行地毯式搜索，将房间内相关物品转移至岸上登记造成管理。同时，派出舟桥部队继续在“东方之星”沉船下游至下游临时栈桥间进行水面搜寻。
6日下午，为保证清理区域干净、彻底，指挥部派出潜水人员在“东方之星”沉船周边，及下游共4000多平方米的相关区域水底再次进行搜寻。
“总之，为最大限度搜寻到每一位遇难者遗体，最大限度地保证每一位遇难者遗体不受伤害，我们不会放过‘东方之星’沉船舱体，相关区域水下及长江220多公里的水面的每一个角落。”6月6日，正在现场指挥搜救的中国交通运输部官员如此表示。
