当然有毒的，有的杀菌剂的毒性还是很大的，农业杀菌剂是用于防治由各种病原微生物引起的植物病害的一类农药，一般指杀真菌剂。但国际上，通常是作为防治各类病原微生物的药剂的总称。随着杀菌剂的发展，又区分出杀细菌剂、杀病毒剂、杀藻剂等亚类。
按杀菌剂的使用方式分类：
1、保护剂：保护剂在病原微生物没有接触植物或没浸入植物体之前，用药剂处理植物或周围环境，达到抑制病原孢子萌发或杀死萌发的病原孢子，以保护植物免受其害，这种作用称为保护作用。具有此种作用的药剂为保护剂。如波尔多液、代森锌、硫酸铜、绿乳铜、代森锰锌、百菌清等。
2、治疗剂：治疗剂病原微生物已经浸入植物体内，但植物表现病症处于潜伏期。药物从植物表皮渗入植物组织内部，经输导、扩散、或产生代谢物来杀死或抑制病原，使病株不再受害，并恢复健康。具有这种治疗作用的药剂称为治疗剂或化学治疗剂。如甲基托布津、多菌灵、春雷霉素等。
氧化性杀菌剂是没有毒的，氧化性杀菌灭藻剂是具有强烈氧化性的杀生剂，通常是一种强氧化剂，对水中的微生物的杀生作用强烈。氧化性杀生剂对水中其它的还原性物质都能起到氧化作用，当水中存在有机物、硫化氢、亚铁离子时，会消耗掉一部分氧化性杀生剂，降低它们的杀生效果。循环冷却水系统中常用的氧化性杀生剂为含氯化合物、过氧化物、含溴化合物等具有氧化性能的化合物。这些化合物普遍具有杀菌灭藻速度快、杀生效果的广谱性高、处理费用低、对环境污染相对影响较小、微生物不易产生抗药性的优点。不足之处是受到水中的有机物和具有还原性物质的影响较大，药剂时间短，受水中的PH值影响也较大，同时，分散渗透和剥离效果差等。 卤族元素氯、溴和碘都是性能良好的氧化性杀菌剂。氯来源广，价格低廉，使用方便，杀菌效果良好，可以和许多水质处理药剂一起使用而互不干扰或干扰很小，对环境污染小，广泛地用作工业和民用用水的微生物的杀菌剂。大型的循环冷却水系统多用液氯，用量少的冷却水系统常用次氯酸钠或漂白粉。
爱苗杀菌剂是没有毒的， 对预防炭疽病、锈病有很好的效果。爱苗 是一种广谱、内吸、治疗性杀菌剂，可被根、茎、叶部吸收，其主要成份是15%丙环唑（敌力脱）+15%苯醚甲环唑（世高）。
甲环唑通过抑制麦角缁醇的生物合成而干扰病菌的正常生长，对植物病原菌的孢子形成有强烈的抑制作用。丙环唑是一种具有保护和治疗作用的内吸性三唑类杀菌剂，可被根、茎、叶部吸收，并能很快地在植物株体内向上传导，防治子囊菌，担子菌和半知菌引起的病害。爱苗，不仅对水稻纹枯病效果非常好，还对各种作物的锈病疗效特别显著。
拌种杀菌剂是有毒的，这样会对身体有严重的损害，而且杀菌剂浓度大或处理的时间长,也会影响到种子的生长的,但是可以一定程度部分杀死或抑制病原菌。
农作物的许多病害是通过种子传播的（种传病害），而随着市场经济的发展，种子调运频繁，供应渠道日益增多，危险性病虫草害传播的可能性不断增加，为了消灭附着在种子上的病菌，控制种子带菌、杜绝危险性病害传入，进一步减少大田发病、降低病害对生产造成的损失，确保播种安全及农作物增产增收，播种前或催芽前进行种子消毒是防治农作物病害的有效办法之一。
目前种子消毒的方法有很多，但根据杀菌原理可以分温度杀菌，和药物杀菌。
三唑类杀菌剂的毒性不大的，这些农药为有机杂环类化合物，化学结构上共同特点是主链上含有羟基(酮基)、取代苯基和1，2，4-三唑基团化合物。三唑类杀菌剂具有高效、广谱、低残留、持效期长、内吸性强等特点，兼具保护、治疗、铲除和熏蒸作用。
三唑类杀菌剂种类很多，国内推广使用的有20多种。三唑酮是上个世纪七十年代国内第一个商品化的三唑类杀菌剂。同时七十年代还开发了三唑醇。八十年代后又开发出了烯唑醇、戊唑醇、己唑醇、氰菌唑、丙环唑、氟硅唑、苯醚甲环唑等一系列三唑类药剂。目前，国外一些化学公司还研发了氟醚唑、羟菌唑、环菌唑等新型的三唑类化合物，这些新近开发的三唑类杀菌剂，分子结构变化很大，作用效果更为明显。报告统计数据显示，从消费量来看，戊唑醇、丙环唑和三唑酮因为在大田作物上广泛使用，是中国消费量最大的三种三唑类杀菌剂，原药总消费量占整个三唑类杀菌剂80%以上。
