早年，抗生素的发现使人类受益匪浅，它使可怕的产褥热不再成为产妇的杀手;使吞噬千百万人生命的鼠疫、伤寒、霍乱等传染病得到了有效控制;使外科手术不再因为感染而失败。然而，随着抗生素种类的增多，使用历史的延长，滥用的现象日益普遍，同时也带来了许多意想不到的后果。
抗生素可分为许多种类型，每一种类型都具有独自的抗菌范围。简单地说，某一种抗生素对某种细菌有杀灭或抑制作用，但对另外的细菌则没有作用。如果抗生素选择错误或者一种抗生素使用时间过长，这就会造成不良后果。轻的对疾病没有治疗作用，严重的将会延误病情，甚至引起许多不良反应。
滥用抗生素使越来越多的细菌产生耐药性，一些原来很有效的抗生素渐渐失去了效力，为此，人们不得不绞尽脑汁，去研究发现对付耐药菌的新的抗生素。令人头痛的是，新抗生素的发现速度还赶不上细菌产生耐药*的速度，而且耐药细菌的毒力也越来越强，越来越难以对付。为了对付细菌的耐药性，医生不得不同时使用多种抗生素，但这样一来，联用抗生素在杀死有害细菌的同时，一些脆弱的有益细菌也会被“置于死地”，导致菌群失调，降低人体的抗病能力。
发热。它是许多疾病的一种临床表现，很多人认为发热即有“炎症”，使用被称为“消炎药”的抗生素，这是错误的做法。发热患者需要明确病因，只有细菌感染导致的发热才需要使用抗生素。
咳嗽。咳嗽只是种症状，不是疾病。除细菌感染外，过敏、空气污染、药物（如降压药卡托普利）副作用、咽部周围组织病变等都可能引起咳嗽。即使是细菌感染引起的咳嗽，也应根据医嘱选择相应的抗生素。2012年，英国南安普敦大学等机构研究发现，阿莫西林等抗生素对轻微呼吸道感染引起的持续咳嗽，不仅效果不明显，还可能引起恶心、呕吐、腹泻等不良反应。
感冒。感冒多是由病毒引起的，而抗生素只对抗细菌感染。如果感冒没有合并细菌感染，用抗生素如同“狗拿耗子”，不仅没用，还易引起耐药和不良反应。
(1)过敏反应：由于个体差异，任何药物均可引起过敏反应，只是程度上的不同。易引起过敏反应或过敏性休克的药物主要有青霉素类、头抱菌素类、氨基糖类、四环素类、氯霉素、洁霉素。磺胺类等抗生素。
(2)肝损害：通过直接损害或过敏机制导致肝细胞损害或胆汁郁滞的药物主要有四环素、氯霉素、无味红霉素、林可霉素等。
(3)肾损害：大多数抗生素均以原形或代谢物经肾脏排泄，故肾脏最容易受其损害。主要有氨基贰类(庆大毒素等)、磺胺类、头孢菌素类(尤其是第一代)、多粘菌素B、二性霉素B等。
(4)白细胞、红细胞、血小板减少，甚至再生障碍性贫血、溶血性贫血：主要见于氯霉素、抗肿瘤抗生素(阿霉素等)、链霉素、庆大霉素、四环素、青霉素、头孢菌素等。
1、易致肝肾受损
因为很多抗生素都是通过肝脏和肾脏代谢的，在其代谢过程中已经对肝、肾器官产生损害，而孩子体内的各种器官尚未发育成熟，更容易遭到抗生素的残害或潜在地残害，首当其冲就是肝、肾两个器官。
2、造成二重感染
如果在病毒感染早期，大量应用抗生素也可使体内菌群失调，有利于病毒繁殖，出现抗生素相关性腹泻，加重患儿病情；还会增加小孩对药物的过敏反应，导致小孩二重感染、真菌感染以及湿疹、哮喘等疾病。
3、出现耐药性
大量使用抗生素无疑是对致病菌抗药能力的“锻炼”，在绝大多数普通细菌被杀灭的同时，原先并不占优势的具有抗药性的致病菌却存留了下来，并大量繁衍。而且由于药物长期刺激，使一部分致病菌产生变异、成为耐药菌株。如果细菌出现耐药性，一旦生病，就会用更多的抗生素对抗致病菌，致病菌为了抵抗抗生素就会加速基因变异。
抗生素用多了以后效果会很差甚至无效，也要从群体角度来说，那是因为一种抗生素在群体中大量频繁使用，导致耐药菌群的传播，才会出现效果差的现象。对于个体来说，如果你每次感染的都是同一种细菌，不会因为你用一种抗生素吃过几次，下次就没有用的。之所以没有用，一是你的错觉，二是你每次感染的细菌是不同的。每种抗生素都有自己的抗菌谱，只对某些特定的细菌其作用，就是目前临床常用的广谱抗生素，也是有其特定的抗菌谱的，不是什么细菌都能杀灭的，所以使用抗生素进行治疗必须依据感染的细菌种类，必要时是要进行药敏试验来选择抗生素。
不过，抗生素耐药性，也不是不可逆的。当细菌对一种抗生素产生耐药后，如果这种抗生素在临床被停止使用了，在一段时间后，细菌菌群会恢复对这种药的敏感性的。
