子囊菌亚门真菌称子囊菌，子囊菌有15000多种，其中大多数是陆生的。它们的形态，生活史、寄生性及所致病害症状千差万别。营养体除少数种类是单细胞的外，大多数是发达、有隔膜、能分枝的菌丝体，而且很多种类可形成菌组织，因而有子座和菌核等结构，无性繁殖产生分生孢子，有性繁殖产生子囊孢子。
子囊菌亚门真菌常见病害：白粉病、苹果腐烂病、黑星病（前面几种也可并入半知菌亚门）、菌核病、赤霉病、叶枯病。
子囊菌亚门(Ascomycotion)真菌一般称作子囊菌，是一类高等真菌。它们的共同的特征是有性生殖形成子囊孢子，但形态、生活史和生活习性的差别很大。子囊菌大都是陆生的，营养方式有腐生、寄生和共生，有许多是植物病原 菌。腐生的子囊菌可以引起木材、食品、皮革的霉烂以及动植物残体的分解;有的可用于抗生素、有机酸、激素、维生素的生产和酿酒工业中;有的是食用菌(如羊肚菌、块菌)。少数子囊菌和藻类共生形成地衣，称为地衣型子囊菌。寄生的子囊菌除引起植物病害外，少数可寄生人、禽畜和昆虫体上。为害植物多引起根腐、茎腐、果(穗)腐、枝枯和叶斑等症状。
子囊菌的营养体是发达、有隔膜的菌丝体，少数(如酵母菌)为单细胞。子囊菌的营养体为单倍体。许多子囊菌的菌丝体可以形成菌组织，如子座和菌核等结构。
腔菌纲分为五个目，其中与植物病害关系较大的是多腔菌目（Myriangiales）、座囊菌目（Dothideales）和格孢腔目（Pleosporales）。
腔菌纲真菌的主要特征是子囊果是子座性质的。许多单个子囊散生在子座组织中，或者许多子囊成束或成排着生在子座的子囊腔内。这种形式的子囊果称作子囊座。子囊座形成的过程是产囊丝伸入发育中的子座组织中，随着子座和子囊的形成，子囊周围的子座组织消解成子囊腔，子囊就着生在子囊腔内。因此，子囊腔没有特殊的腔壁（包被）与子座组织的其它部分分开。子囊座成熟后，子囊腔顶部的细胞组织消解而形成圆形的孔，不象子囊壳那样很早就形成固定的孔口。同时，子囊之间没有侧丝，有时在子囊之间可看到与侧丝相似的丝状体，这是残余的子座组织，一般称作拟侧丝。有的子囊座只有一个子囊腔，子囊腔周围菌组织的压缩很象壳壁，表面看起来与球壳目的子囊壳差不多，有人称它为假囊壳。此外，有些子囊腔是盘状的。
子囊菌亚门病害的分类
低等的子囊菌的子囊是散生的；至于形成产囊丝的较高等的子囊菌，子囊则产生在不同类型的称作子囊果的孢子果内。根据是否形成子囊果、子囊果的类型和子囊的结构，子囊菌亚门分为六个纲，与植物病害有关的是以下五个纲：
半子囊菌纲（Hemiascomycetes）：没有子囊果。
不整囊菌纲（Plectomycetes）：子囊果是闭囊壳。
核 菌 纲（Pyrenomycetes）：子囊果是子囊壳。
腔 菌 纲（Loculoascomycetes）：子囊果是子囊座，子囊是双囊壁的。
盘 菌 纲（Discomycetes）：子囊果是子囊盘。
防治措施
子囊菌亚门引起病害防治方法是用杀菌剂进行拌种。清洁田园及时将病叶、病果清出园外，深埋或烧毁。轮作换茬，增施有机肥和磷钾肥。大棚或保护地加强通风，膜下浇小水，禁止漫灌，降低湿度。利用药剂代森锰锌、多菌灵、百菌清等防治，有一定的防治效果。
