西红柿病害种类较多，主要病害有病毒病、晚疫病、灰霉病、叶霉病、早疫病和溃疡病等。这些病害在实际生产上常常同时发生，交替发生，而且发病早、来势猛、流行快、危害重，虫害主要是蚜虫、温室百粉虱和棉铃虫等。
苗期容易感染立枯病、枯萎病，害虫有白粉虱、蚜虫、蓟马等，应注意防治，播种前用50--52℃热水浸泡20分钟，可杀死种子内外大部分病菌，然后再进行浸种催芽。
苗床土壤消毒，每平方米苗床加5-10克雷多米尔充分混匀后播种，盖土也要经过同样处理，可防治苗期大部分病害。
前期温度高容易发生各种病害如根腐病(死棵)、早疫病、叶霉病等，个别大棚可能发生菌核病。11月份重点防治灰霉病。
由于温度低，果实的不正常生长和植株不正常表现多是低温所致，并非由病原菌导致病害发生，这种病害称之为非侵染性病害。
1、灰霉病：预防和发病初期可选用真灵500倍液、灰霉王500倍液、万霉灵500倍液轮换进行喷雾，在发病高峰期可选用百可得2000倍液和施佳乐800倍液轮换进行喷雾。遇到阴天下雨天气，可选用灰霉白粉一次净烟剂200克/亩密闭熏蒸温室大棚和万霉灵粉尘1公斤/亩喷粉。
2、早疫病和晚疫病：可选用霜克500倍液、猛飞灵500倍液、霉克特500倍液、灭克800倍液轮换进行喷雾，也可以复配用药。遇到阴天下雨天气，可选用百菌清烟剂200克/亩密闭熏蒸温室大棚和克露粉尘1公斤/亩喷粉。
3、叶霉病：可选用叶霉威500倍液和叶霉净500倍液轮换进行喷雾。
4、病毒病：可选用博联生物菌素1500倍液喷雾。
5、脐腐病：可选用脐腐王800倍液和瓜病决杀1000倍液轮换进行喷雾。
一、病害具体表现
斑枯病：叶片上有些圆形或近圆形小斑点，斑点中间灰白色，边缘深褐色，四周有黄色晕圈。严重时，叶片布满斑，互相连片，有时穿孔，叶片枯黄。
早疫病：发病叶片初见深褐色小点，后发展为圆形或椭圆形深褐色斑，有深褐色同心轮纹，病斑外缘常带有黄色或黄绿色晕圈，湿度大时斑上有灰黑色霉状物。
晚疫病：叶片染病多半是从叶尖或叶边开始，呈水浸状，初为暗绿色，进而变为褐色。茎秆会出现黑褐色的病斑，病部凹陷，造成番茄黑秆。果实青果期易发病，病斑不规则，似水烫状，病斑开始比较硬，接着慢慢腐烂。
二、控制病害具体表现
这三种病害，控制好棚内湿度是关键。先加强浇水管理，合理通风，使棚内湿度下降，从而降低该病的发生和蔓延。其次，对于发病植株，应及时摘除病叶、枯枝，减少病源。再次，及时用药控制。预防这些病害在植株成长期就使用氨基寡糖素，氨基寡糖素可以加强西红柿自身能力，能控制和避免受到病害的侵扰。
西红柿苗期病害主要有猝倒病、立枯病、茎基腐病、生理性沤根等。
防治西红柿苗期病害不能仅仅依赖化学药剂，应该以选用抗病品种为基础，注意提高栽培管理措施，综合防治各类病害，避免生理性病害的发生，对症用药，适期用药。
西红柿苗期主要病害
猝倒病
猝倒病多于苗床前期发生，幼苗子叶消耗殆尽而新根仍未扎实时最易发病；患病幼苗基部初呈现水渍状病斑，后变褐缢缩，倒伏死亡，湿度较大时产生白色絮状菌丝。
苗床连续低温、高湿是该病发生的主要条件，雨水较多或灌溉不合理会导致病菌蔓延和再侵染。苗床光照不良，通风透气较差也会加重该病的发生。
立枯病
刚出土的幼苗和大苗均可受害，尤以中后期为主，病苗茎基部变褐色，后病部收缩细缢，茎叶萎垂枯死。稍大病苗或定植后5~10d，病苗茎基部产生暗褐色椭圆形病斑，病株白天萎蔫，夜间复原。
1、晚疫病：可危害西红柿茎、叶和果实，叶部多从下部叶片叶尖或叶缘开始发病，病健交界不明显，病斑上无轮纹；茎部受害稍凹陷；果实受害病斑稍凹陷，病部呈不规则云纹扩展状，病果质地较硬而不软腐。
2、早疫病：此病以叶和茎叶分枝处最易受害。一般下部叶片首先发病逐渐危害上部叶片，病斑具有同心轮纹；茎、叶柄和果柄发病，病斑梭形或椭圆形，稍凹陷具有同心轮纹，病枝易由病处折断。空气相对湿度大时，病斑上可生成黑色霉层。
3、灰霉病：灰霉病是温室和塑料大棚中普遍发生、危害严重、损失较大的一种病害。它以危害果实发病最重。成株期叶片发病，由叶缘向内呈“V”字形扩展，这是其最主要特征；果实发病产生灰褐色霉层。
4、叶霉病：主要侵害叶片，茎、花、果实也可受害。叶片发病由下部老叶向上发展，而以中部叶片最易感染。叶正面首先出现微黄色褪绿斑点，边缘不清晰，叶背面生灰白色霉点，发病严重时，病斑连片，叶片干枯卷曲，直至病株枯死。
