子囊菌是一类高等真菌。菌丝休一般都很发达，有隔膜，有分枝，有的菌丝体可以形减菌核、子座等机构。子囊苗的共同特点是有性生殖产生子囊和子囊孢子。子囊菌亚门是根据子囊果的有无、子囊果的形态特征，于囊着生位置，子囊孢子的特征进行分类的。
子囊菌所致的病害很多，其中代表性的病害有核果类缩叶病、各种植物的白粉病、甘薯黑斑病，小麦赤霉病，苹果腐烂病、苹果黑星病和油菜菌核病等。
与真菌型病害相同，子囊菌也有菌丝和孢子，但是，明显表现为活力强、传播速度快、危害更加严重，如鸡爪病（炭角菌类），可以认定为是“鸡腿菇专有癌症”，一旦发生，畦面上将会出现一丛丛棕褐色珊瑚状子实体，常规药物基本无效——只能寄希望于综合预防和物理+化学处理法。
1.鸡爪病：菌丝阶段肉眼无法辨认，菇床只是表现为迟迟不出菇，表面有些许灰白色菌丝出现，极易误认为是鸡腿菇气生菌丝；其菌丝成熟后，即可在菇床上长出棕褐至暗褐色珊瑚状子实体，丛生，形同“小刺猬”，剖料观察，可见其基部菌索极为粗壮，直达料底，手拉其菌索韧性较大；菌索着生处鸡腿菇菌丝仍不减少，但由于该病菌具有较强的生长优势，所以抑制鸡腿菇菌丝不再发生菇蕾，危害性极大，而且发生极为普遍。另据介绍，该类病菌的菌丝是“插入”鸡腿菇菌丝体中形成危害的，所以，一旦染上该病，鸡腿菇便不会再出菇；
虽然半知菌不全都是子囊菌的无性阶段，但子囊菌的无性阶段全都是半知菌，所以，子囊菌病害与半知菌病害的症状基本相似。它们都引起局部坏死性病害，少数引起系统传染的维管制病害——萎蔫病(枯萎和黄萎)。
这两类真菌所致病害的首要病状：①叶斑；②炭疽；③枝枯；④溃疡；⑤腐臭；⑥肿胀；⑦萎蔫；⑧发霉等。首要病征是白粉、烟霉、各类光华的点状 物(以黑色为主)与霉状物、颗粒状的菌核、根状菌索等。有时还可发生黑色刺毛状物、白色棉絮状的菌丝体。
子囊菌引起的植物病害首要有九年夜类：叶斑病、炭疽病、白粉病、煤烟病、霉病、萎蔫病、干腐枝枯病、腐臭病和过度发展性病害。
叶斑病(1eaf spot) 搜罗小斑病、年夜斑病、轮纹病、角斑病、漆斑病、褐斑病、胡麻斑病和穿孔病等。
噻菌灵
广谱、内吸性杀菌剂，兼有保护和治疗作用。能向顶传导，但不能向基传导。
防治对象：子囊菌、担子菌、半知菌引起的多种真菌性病害。如灰霉病、菌核病、斑枯病、炭疽病、蔓枯病、枯萎病、根腐病。
注意事项：对鱼类有毒，不要污染池塘和水源。
咪鲜胺
咪唑类有保护和铲除作用，无内吸作用，但具一定的传导性能。
防治对象：对子囊菌引起的多种病害有特效。蔬菜上主要用于防治炭疽病、蘑菇褐腐病和褐斑病。
氟硅唑
预防兼治疗作用的系统性杀菌剂。能迅速渗入植物体内、耐雨水冲刷等特点。
防治对象：对子囊菌、担子菌和半知菌所致病害均有效。尤其对白粉病、锈病、黄瓜黑星病效果理想。
