制药废水的水质特点使得多数制药废水单独采用生化法处理根本无法达标，所以在生化处理前必须进行必要的预处理。一般应设调节池，调节水质水量和pH，且根据实际情况采用某种物化或化学法作为预处理工序，以降低水中的SS、盐度及部分COD，减少废水中的生物抑制性物质，并提高废水的可降解性，以利于废水的后续生化处理。
预处理后的废水，可根据其水质特征选取某种厌氧和好氧工艺进行处理，若出水要求较高，好氧处理工艺后还需继续进行后处理。具体工艺的选择应综合考虑废水的性质、工艺的处理效果、基建投资及运行维护等因素，做到技术可行，经济合理。总的工艺路线为预处理－厌氧－好氧－（后处理）组合工艺。采用水解吸附—接触氧化—过滤组合工艺处理含人工胰岛素等的综合制药废水，处理后出水水质优于GB8978－1996的一级标准。气浮－水解－接触氧化工艺处理化学制药废水、复合微氧水解－复合好氧－砂滤工艺处理抗生素废水、气浮－UBF－CASS工艺处理高浓度中药提取废水等都取得了较好的处理效果。
接下来看下水污染成因与污水处理方法?
国外在水污染治理过程中，非常重视污水处理设施的建设。泰晤士河、莱茵河以及琵琶湖的治理中污水处理设施的建设发挥了重要的作用。美国平均每1万人就有一座污水处理厂，欧洲的许多国家平均5000～8000人拥有一座污水处理厂，中国的城镇人口中平均150万人才拥有一座污水处理厂。2010年乡镇污水处理率达到51.99%，其中乡镇生活污水处理率为37.4%。乡镇排污严重地污染了乡镇水环境。提高乡镇污水处理率可以减少乡镇排污对乡镇水环境的污染。乡镇人口密度大、污染排放集中、可以最大限度的实现污染治理以及满足最多的受益人群，提高环境质量，乡镇污水处理设施可以达到规模经济。非农产业的发展出于协作和效益的要求，趋向于在地域上集聚。小城镇作为乡镇区域社会、经济、文化活动的中心，是非农产业理想的集聚地。中国小城镇污水处理设施建设极为匾乏，乡镇企业和居民生活排污对乡镇水环境造成了污染。加强小城镇污水处理设施建设迫在眉睫。由于产业和人口在空间上的集聚，一定程度上满足了环境基础设施的规模要求。小城镇与乡镇相比，具有人口集中、产业集中以及污染排放集中的特点，提高小城镇的污水处理率也是乡镇水污染治理的一个不可或缺的步骤。乡镇居民的生活排污问题也是乡镇水污染治理中一个不容忽视的问题。由于农民生活水平的提高和生活方式的改变，导致生活排污量增加和污染成分发生变化，生活污水有害化，有机化程度加重。应向综合利用的方向发展，对水进行封闭循环的同时，处理后的沉渣也应加以利用。
第一、COD浓度高：以抗生素废水为例，其中主要为发醉残余基质及营养物、溶媒提取过程的萃余液、经溶媒回收后派出的蒸馏釜残液、离子交换过程排出的吸附废液、水中不溶性抗生素的发酵滤液、染菌倒灌液等。
第二、SS浓度高：其中主要为发酵的残余培养基质和发酵产生的微生物丝菌体。如庆大霉素SS为8000mg/L左右，对厌氧EGSB工艺处理极为不利。
第三、存在难生物降解物质和有抑菌作用的抗生素等毒性物质：对于抗生素类废水来说，由于发酵中抗生素得率较低(0.1%～3%)、分离提取率仅为60%～70%，大部分废水中的抗生素残留浓度均较高。
第四、硫酸盐浓度高：如链霉素废水中的硫酸盐含量为3000mg/L左右，最高可达5500mg/L；土霉素为2000mg/L左右；庆大霉素为4000mg/L。
