1.各类食物中毒中细菌性食物中毒占食物中毒总数的50%左右， 细菌性食物中毒以胃肠道症状为主，常伴有发热，其潜伏期相对于化学性的较长。常见的细菌性食物中毒病原菌有沙 门氏菌属、葡萄球菌、付溶血性孤菌、肉毒梭菌、致病性大肠菌等。
2.真菌在自然界中分布极广，有十万多种，其中能引起人或动物感染的仅占极少部分，约300种。其产生的毒素会对人体健康产生不利的影响，主要的有代表性毒素是黄曲霉毒素、赭曲霉毒素、单端孢霉烯族毒素、黄绿青霉毒素、富马毒素、震颤毒素和麦角生物碱。
3.食品病毒性污染:分RNA 病毒和DNA 病毒。RNA 病毒有细小核糖核酸病毒科、披盖病毒科、弹状病毒科、正粘病毒科。DNA 病毒有疮疹病毒科、虹色病毒科。
1、细菌的危害
各类食物中毒中细菌性食物中毒占食物中毒总数的50%左右， 细菌性食物中毒以胃肠道症状为主，常伴有发热，其潜伏期相对于化学性的较长。较明显季节特点，好发于夏秋季气温和湿度较高的季节，常常为集体突然暴发，发病率高，病死 率低好. 常见的细菌性食物中毒病原菌有沙 门氏菌属、葡萄球菌、付溶血性孤菌、肉毒梭菌、致病性大肠菌等。
2、真菌的危害
微生物中只有真菌具有真正的细胞核和完整的细胞器，故又称真核细胞型微生物。真菌在自然界中分布极广，有十万多种，其中能引起人或动物感染的仅占极少部分，约300种。可以引起真菌感染，变态反应性疾病，中毒性疾病等。人和畜禽一次性摄入含有大量真菌毒素的食物，往往会发生急性中毒，长期少量摄入会发生慢性中毒。根据真菌毒素作用的靶器官，可将真菌毒素分为肝脏毒、肾脏毒、神经毒、光过敏性皮炎及其他5种可以使实验动物致癌的真菌毒素有黄曲霉毒素、杂色曲霉素、黄天精、环氯素和展青霉素。
1.原料本身自带
食品原料在栽培、捕捞、屠宰、运输等过程中都有可能被微生物污染，造成原材料的腐败变质，造成加工工艺、消毒灭菌的困难，影响产品的卫生质量。因此，首先要注意原材料的选择与处理，减少微生物的来源。
2.周围环境污染
食品工厂应建在远离重工业区，周围不应有农药厂、化肥工厂、垃圾场、粪场、污水坑及大医院等。以免受到废水、废气、废渣和病原微生物及其它污染物的污染，对食品加工厂本身的污染物也必须进行无害化处理。
3.生产场所不卫生，滋生微生物
食品生产的场所，应符合卫生要求，易于清洗消毒，空间可采用空气过滤器，造成洁净的生产环境;保持生产车间四周墙壁、天花板和地面等六面清洁，生产设备应该经常清洗消毒，以减少微生物孳生的场所;严格执行各项生产卫生制度。生产中应注意简化工艺，缩短生产流程，做到生产自动化、密闭化和连续化，尽量减少食品在空间暴露的时间，做到不接触或少接触人手和其他未经消毒的物品，这是降低微生物污染食品，提高食品质量的有效措施;加强用水的管理和处理。
(1)采集样品
采样前要了解所采样品的来源、加工、储藏、包装、运输等情况，采样时必须做到：使用的器械和容器需经灭菌，严格进行无菌操作;不得加防腐剂;液体样品应搅拌均匀后才去采样，固体样品应在不同部位采取以使样品具代表性;取样后及时送检。
(2)样品送检
采集好的样品应及时送到食品微生物检验室，一般不应超过3h，如果路程较远，可将不需冷冻的样品保持在1～5℃的环境中，勿使冻结，以免细菌遭受破坏。
(3)样品处理
样品处理应在无菌室内进行，若是冷冻样品必须事先在原容器中解冻，解冻温度为2～5℃不超过18h或45℃不超过15min。
(4)检验
每种指标都有一种或几种检验方法，可根据不同的食品、不同目的来选择恰当的检验方法。通常所用的常规检验方法为现行国家标准，或国际标准，如FAO标准、WHO标准等，或食品进口国的标准，如美国FDA标准、日本厚生省标准、欧共体标准等。
1、菌落总数
菌落总数是指食品检样在严格规定的条件下(样品处理、培养基及其pH值、培养温度与时间、计数方法等)培养后，单位重量(g)、容积(mL)或表面积(cm2)上，所生成的细菌菌落总数。
2、大肠菌群
肠杆菌科的埃希氏菌属，柠檬酸杆菌属，肠杆菌属和克雷伯菌属统称为大肠菌群 。它们均来自人或温血动物肠道，不形成芽孢，在35-37℃条件下发酵乳糖产酸产气的革兰氏阴性杆菌。这些细菌是寄居于人及温血动物肠道内的常居菌，它随着大便排出体外。食品中如果大肠菌群数越多，说明食品受粪便污染的程度越大。故以大肠菌群作为粪便污染食品的卫生指标来评价食品的质量，具有广泛的意义。
3、致病菌
致病菌即能够引起人们发病的细菌。大肠菌群检验呈阳性，并怀疑食品可能受到致病菌污染时可进行致病菌检验。在我国现有的国家标准中，致病菌一般指“肠道致病菌和致病性球菌”，主要包括沙门氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌、致病性链球菌等四种，致病菌不允许在食品中检出。
