土壤含锰量在 20～10000ppm之间，平均值为1000ppm。在岩石风化为土壤的过程中,锰既不因土壤淋溶而损失，也不会大量富集。例如玄武岩转化为土壤时，锰含量从每公斤岩石含1200毫克变为1300毫克。有人估算：对于未经耕作也未受污染的土壤，岩石风化每年输入每平方米土壤的锰为26毫克;降雨和降尘输入土壤的锰为0.8毫克,从土壤输往生物同从腐烂的枯枝叶输入土壤的锰，数量相当,为400毫克;淋溶从土壤输出约 2毫克;对于有中等污染而又耕作过的土壤来说，岩石风化输入的锰，数量不变，降水和降尘输入的锰增为20毫克，通过肥料输入的锰为5毫克,从土壤输往作物的锰为 5～60毫克。由此可以看出，除了自然循环以外，对土壤含锰量影响最大的是来自大气中的锰。受锰污染的土壤主要是酸性土壤，可使某些植物发生锰中毒。在土壤中拌石灰，能提高土壤的pH值，使土壤污染状况得到改善。
锰可对人体产生危害，常见的情况如下：
1.慢性锰中毒一般在接触锰的烟、尘3～5年或更长时间后发病。早期症状有头晕、头痛、肢体酸痛、下肢无力和沉重、多汗、心悸和情绪改变。病情发展，出现肌张力增高、手指震颤、腱反射亢进，对周围事物缺乏兴趣和情绪不稳定。后期出现典型的震颤麻痹综合征，有四肢肌张力增高和静止性震颤、言语障碍、步态困难等以及有不自主哭笑、强迫观念和冲动行为等精神症状。锰烟尘可引起肺炎、尘肺，尚可发生结膜炎、鼻炎和皮炎。
2.急性锰中毒常见于口服浓于1%高锰酸钾溶液，引起口腔黏膜糜烂、恶心、呕吐、胃部疼痛;3%～5%溶液发生胃肠道黏膜坏死，引起腹痛、便血，甚至休克;5～19克锰可致命。在通风不良条件下进行电焊，吸入大量新生的氧化锰烟雾，可发生咽痛、咳嗽、气急，并骤发寒战和高热(金属烟热)。
大气中的锰主要来源于冶炼锰、锰合金和使用锰的厂矿，锰会以气溶胶形态存在。当空气中的锰含量超过500微克/立方米，可造成工人职业性的锰中毒。从区域环境来说，大气中的锰含量，欧洲平均为0.043微克/立方米，北美为0.15微克/立方米，日本为0.08～0.6微克/立方米，意大利的米兰为1.3微克/立方米，北半球海洋上空为 0.0079微克/立方米，南半球海洋上空为0.00024微克/立方米，南极洲为0.00001微克/立方米。大气中锰的氧化物和其他金属氧化物一起，能在二氧化硫转化为硫酸或硫酸盐的反应中起催化作用。
1.锰生产废水治理的关健是加强管理，严格做到“清污分流、雨污分流、污污分流”。锰生产工艺废水主要为钝化、洗板、洗布、洗框、清槽、地面冲洗等工序产生的废水，主要污染物为六价铬、总锰、氨氮等，采用铁炭微电解床还原六价铬+碱石灰乳化絮凝+鼓风脱氨治理工艺处理生产工艺废水效果良好。
2.选好废渣存放地，一要选择无泉水涌出的地方建设渣场，防止渣库长年渗水;二要尽可能把压滤车间建在紧邻渣库的位置，减少废渣在运输过程污染地表径流的机率;三要改进压滤设备，减少废渣含水率，杜绝水冲渣。为防止周围雨水进入渣场增加渗液产生量，应在沿渣场四周开挖撇洪沟，将雨水直接引至下游。
3.锰矿石粉碎过程产生的粉尘一般是采用布袋除尘来消除污染。投料过程产生的粉尘可采用密闭送料或将矿粉浆化后投料来消除污染。化合工序产生的酸雾可采用密闭化合，负压抽风，碳酸钠溶液吸收，有组织高空排放的办法来消除污染。加强厂区绿化，特别是在化合车间、电解车间周围以及厂区与居民区之间建立绿化带，对减轻大气污染效果非常明显。
