一、按农用杀菌剂的原料来源分
1. 无机化合物。如重铬酸钠、硫酸铜、氯化锌、氯化镉等。
2. 有机锡类。如三苯基乙酸锡、三丁基氟化锡等。
3. 有机砷类 如田安（甲基砷酸铁胺）、稻宁（甲基砷酸钙）、稻脚青（甲基砷酸锌）、福美砷（阿苏妙）等。
4. 有机磷类。如三乙磷酸铝（疫霉灵，疫霜灵，乙磷铝）、稻瘟净、异稻瘟净、敌瘟磷（克瘟散）等。
5. 有机汞类 如氯化乙基汞、醋酸苯汞、磺胺苯汞、磷酸乙基汞等。
6. 有机硫类 如乙蒜素（乙烷硫代磺酸乙酯，抗菌剂402）、代森铵 、代森锌 、代森锰锌、福美双、托布津（硫菌灵）、甲基托布津（甲基硫菌灵）、灭菌丹、克菌丹等。
7. 氮杂环及其它含氮化合物。如苯菌灵（苯来特）、多菌灵（苯并咪唑44号）、噻菌灵（特克多）、菌核净（纹枯利）、乙烯菌核利（农利灵）、敌枯双、叶青双（噻枯唑，叶枯唑，叶枯宁，川化-018）、三环唑（比艳，克瘟唑）、粉锈宁（百理通，三唑酮）、百科（双苯三唑醇，双苯唑菌醇）、甲呋酰苯胺、敌力脱（丙环唑）、叶枯灵（渝-7802）、叶枯净（杀枯净，惠农精，5-氧吩嗪）、禾穗宁（万菌灵，戊环隆）、异菌脲（扑海因）、速保利、苯噻氰（苯噻清，倍生）、敌菌灵、粉唑醇、特富灵、恶霉灵（土菌消）、萎锈灵、乐比耕（氯苯嘧啶醇）、腐霉利（速克灵）、稻瘟灵（富士一号）、杀菌腙、杀菌酮、羟锈宁、赛克津等。
保护性杀菌剂，对气流传播病菌尤为有效，如用波尔多液防治多种作物的霜霉病；对植物种子或幼苗进行处理，可防治种传病害的侵染，如三唑酮拌种可防治禾谷类黑穗病。
此类杀菌剂对气流传播病菌尤为有效，如用波尔多液防治多种作物的霜霉病；对植物种子或幼苗进行处理，可防治种传病害的侵染，如三唑酮拌种可防治禾谷类黑穗病；多菌灵浸蘸甘薯幼苗防治苗期病害；福美双、多菌灵土壤处理可防治多种作物的土传病害，如猝倒病和立枯病等。
对田间农作物喷药要注意两点：首先是药剂的种类和浓度。药剂种类的选择决定于病害类型，所以先要作出正确的病害类型诊断，然后才能对症下药。如稻瘟病可选稻瘟净、稻瘟灵、三环唑等，小麦白粉病、锈病要选三唑醇、三唑酮等，花生叶斑病要选甲基托布津等。但还应注意的是同样的病若发生在不同的作物上，有时也不能用同一种药剂，如波尔多液可防治霜霉病，但易对白菜产生药害，故不宜防治白菜霜霉病。药剂的种类选择后，还要根据作物种类及生长期、杀菌剂的种类和剂型、环境条件等选择合适的施用浓度。
非内吸性杀菌剂指药剂不能被植物内吸并传导、存留。大多数品种都是非内吸性的杀菌剂，此类药剂不易使病原物产生抗药性，比较经济，但大多数只具有保护作用，不能防治深入植物体内的病害。如硫酸锌、硫酸铜、多果定、百菌清、绿乳铜、表面活性剂、增效剂、硫合剂、草木灰、波尔多液、代森锰锌、福美双、百菌清等。此外，杀菌剂还可根据使用方法分类，如种子处理剂、土壤消毒剂、喷洒剂等。
能通过植物叶、茎、根部吸收进入植物体，在植物体内输导至作用部位的杀菌剂。按药剂的运行方向又分可分为向顶性内吸输导作用（acropetaltranslocation）和向基性内吸输导作用（basipetal translocation）。
此类杀菌剂本身或其代谢物可抑制已侵染的病原菌生长发育和保护植物免受病原菌重复侵染，在植物发病后施药有治疗作用。
内吸性杀菌剂能被植物叶、茎、根、种子吸收进入植物体内，经植物体液输导、扩散、存留或产生代谢物，可防治一些深入到植物体内或种子胚乳内病害，以保护作物不受病原物的浸染或对已感病的植物进行治疗，因此具有治疗和保护作用。如多菌灵、力克菌、绿亨2号、多霉清、霜疫清、噻菌铜、甲霜灵、乙磷铝、甲基托布津、敌克松、粉锈宁、甲霜铜、杀毒矾、拌种双等。
可直接喷施、拌种或土壤处理（灌浇、沟施等）。在实际使用中，因其作用点单一，病原菌易产生抗药性，而往往与其他多作用点的非内吸性杀菌剂混用，以延缓抗药性的产生。有些药剂能被植物吸入体内，但不能在体内输导，则称为渗透作用或内渗作用，以有别于内吸作用。
植物杀菌剂又称杀生剂、杀菌灭藻剂、杀微生物剂等，通常是指能有效地控制或杀死水系统中的微生物——细菌、真菌和藻类的化学制剂。在国际上，通常是作为防治各类病原微生物的药剂的总称。
农业杀菌剂是用于防治由各种病原微生物引起的植物病害的一类农药，一般指杀真菌剂。但国际上，通常是作为防治各类病原微生物的药剂的总称。随着杀菌剂的发展，又区分出杀细菌剂、杀病毒剂、杀藻剂等亚类。
杀菌剂按来源分，除农用抗生素属于生物源杀菌剂外，主要的品种都是化学合成杀菌剂，杀菌剂是一类用来防治植物病害的药剂。凡是对病原物有杀死作用或抑制生长作用，但又不妨碍植物正常生长的药剂，统称为杀菌剂。杀菌剂可根据作用方式、原料来源及化学组成进行分类。
