3月9日，美国数据安全公司Bluebox发文称，通过测试发现，小米4手机存在预装恶意软件、有安全漏洞等问题。对此小米公司回应称，Bluebox的文章有明显错误，而且其用来测试的小米4也非正规渠道购得。
Bluebox表示，其研究人员发现，在小米4中预装了多款恶意应用，如被安全软件识别为广告软件的可疑APP“YtService”、被反病毒软件标记为木马的PhoneGuardService、被杀毒软件公司识别为恶意软件的SMSreg等。该公司还表示，小米4的操作系统是未经认证的Android版本，该手机能被许多最近发现的安全漏洞攻击。该公司还怀疑，这款设备可能被第三方篡改，因为某些应用的签名与小米的签名密钥并不相同。
随后小米在一份回应声明中表示，“Bluebox的文章中有明显错误。官方的小米设备不会默认root，并且没有预装恶意软件，因此，我们肯定Bluebox所测试的设备并非标准的MIUI ROM。很有可能Bluebox所获得的‘米4’经过了篡改，因为手机是从非官方渠道购买的。我们的渠道只有Mi.com和某些合作伙伴，诸如运营商。”
