洪灾后认真搞好消毒工作与媒介生物的控制是防止灾后出现大疫的重要卫生防疫措施之一。
1、饮水消毒：洪水将大量的人畜粪便、垃圾、动物尸体等冲入水中，造成水中生物性污染急剧增加，各类微生物污染极为严重。洪水后河塘、水井等仍留上述污染水，污物沉积水底，外观虽澄清，但水质仍很差，因此灾区的水须经特别消毒检测后才能作为饮用水。我们提倡喝开水，不喝生水。自来水厂要严格对饮用水进行消毒管理，在洪水期间适当提高加氯量，确保市民饮用水卫生。对于井水、山水等，市民最好不要作为饮用水使用，如果一定要用，必须用漂白粉或漂白精片消毒。漂白精片按每100斤水用1片计量，方法是：将漂白精片研碎研细，用清水调成糊状倒入需要消毒的水中，充分搅拌，加盖静置30分钟后方可使用。漂白粉(精片)遇高温、亮光、潮湿会失效，所以必须放在能避光、干燥、凉爽处(如用棕色瓶拧紧瓶盖存放)。
饮水的消毒方法很多，简便实用的是煮沸消毒和氯化消毒法。
1、煮沸消毒
煮沸消毒是一种最简便而有效的消毒方法。一般细菌在水温80℃左右就不能生存，将水煮沸几分钟后，几乎可以将水中所含的全部细菌、病毒杀死。但这种消毒方法无持续杀菌作用，煮沸后的水存放过程中有重新被病原菌污染的可能。因此，盛放开水的容器要清洁，应设置开水龙头或公用水舀，不要用喝水的杯子直接到容器中去取水。
2、氯化消毒
氯化消毒是在水中加入氯制剂，通过其有效氯的作用杀灭水中的细菌。常用的氯制剂有优氯净、漂白粉、漂白粉精片等。在农村家庭饮水消毒中以漂白粉、漂白粉精片使用最多;它不仅杀菌力很强，使用方便，价格便宜，而且能在水中保持一定量的剩余浓度，即使水再度污染，余氯仍有消毒作用，所以得到广泛的应用。
1、加强水源管理，确保水体质量和饮用水卫生
我们提倡喝开水，不喝生水。自来水厂要严格对饮用水进行消毒管理，在洪水期间适当提高加氯量，确保市民饮用水卫生。对于井水、山水等，市民最好不要作为饮用水使用，如果一定要用，必须用漂白粉或漂白精片消毒。漂白精片按每100斤水用1片计量，方法是：将漂白精片研碎研细，用清水调成糊状倒入需要消毒的水中，充分搅拌，加盖静置30分钟后方可使用。漂白粉(精片)遇高温、亮光、潮湿会失效，所以必须放在能避光、干燥、凉爽处(如用棕色瓶拧紧瓶盖存放)。
2、加强食品卫生监督，严把食品卫生关
卫生、食品等监督部门要坚强对食品卫生的监督，各饮食摊点要严格执行《食品卫生法》，严禁出售不卫生的食品。对于受潮、霉变、污染的食品和淹死、死因不明的禽畜类，市民千万不要去吃;各类瓜果一定要洗干净去皮再吃;虾、蟹等水产品味道虽好，但不要生吃。
当发生水灾时候，大量饲养家禽的用户如果在有条件，有足够的时间的情况下，需要将家禽统一放入笼子带走，但是水灾过后，无论是剩下的家禽，还是带走的家禽，都需要进行消毒处理。具体介绍如下：
1、彻底清理禽舍，作好环境消毒。
对禽舍进行彻底消毒处理，一般程序是先进行机械冲洗，清扫干净，粉刷墙壁，加强通风换气，然后用2%热烧碱溶液或用石灰加碱法，即用8%-10%的生石灰加1%碱水进行喷洒墙壁、地面及舍内空间，鸡笼等用具有3%来苏儿或0.02%-0.03%的过氧乙酸喷洒消毒，用药后禽舍需密封，以保证消毒效果。
对禽舍周围环境消毒应包括禽舍周围5米内的地面，鸡舍外墙面，可用2%-3%的烧碱溶液喷雾消毒，也可用次氯酸钠30-50毫克/升进行喷雾，鸡舍周围1.5-2米地带用撒生石灰消毒，运送鸡粪的道路、粪堆等地面均用过氧乙酸或烧碱溶液喷洒消毒，或用火焰焚烧消毒，将清扫后的粪便及污物、杂物进行发酵处理，可进行堆积密封，利用生物热进行消毒，以达到杀灭无芽胞菌、寄生虫卵、病毒等目的，常用的环境消毒药物还有碘附类(爱迪伏、磺福)、复合酚类(菌毒敌、消毒录、农乐)、二氯异氰尿酸钠及双链季铵盐类(百毒杀、远征消毒液)。在消毒时，可轮换使用不同的消毒剂。
洪水来前做好准备
我国幅员辽阔，几乎每年都有一些地方发生或大或小的水灾。严重的水灾通常发生在河谷、沿海地区及低洼地带。暴雨时节，这些地方的人们就必须格外小心，以防洪水泛滥。那么，我们应该做些什么准备呢?
首先，应当在雨季多收听洪水警报，多了解水面可能上涨到的高度和可能影响的区域。当发生洪水前，通常有充分的警戒时间。与暴雨之后的激流相比，洪水流动比较缓慢。面对可能的汛情，应在门槛外(如预料洪水会涨得很高，还应在底层窗沿外)垒起一道防水墙，最好的材料是沙袋，也就是用麻袋、塑料编织袋或米袋、面袋装入沙石、碎石、泥土、煤渣等，然后再用旧地毯、旧毛毯、旧棉絮等塞堵门窗的缝隙。
当洪水即将来临时，要做必要的物资准备，这样可以大大提高避险的成功率。比如准备一台无线电收音机，随时收听、了解各种相关信息。准备大量的饮用水，多备罐装果汁和保质期长的食品，并捆扎密封，以防发霉变质。准备保暖的衣物及治疗感冒、痢疾、皮肤感染的药品。准备可以用作通信联络的物品，如手电筒、蜡烛、打火机等，准备颜色鲜艳的衣物及旗帜、哨子等，以防不测时当作信号。
