棉花蚜虫的防治以农业防治和生物控制为主，化学防治为辅，防治应根据发生情况因地防治，点片发生时应挑治，不要满田喷药，以免杀死天敌。对达到药剂防治指标的田块应及时进行化学防治。
1、防治指标：苗蚜百株3叶蚜量2500头或以出现卷叶株为防治指标，伏蚜平均单株上、中、下3叶蚜量200头作为防治指标。棉蚜发生达到防治指标时正处于点片危害阶段，应进行局部针对性喷雾，避免大面积用药。
2、农业防治：实行棉麦轮作，利用小麦屏障作用阻止有翅蚜向棉田迁飞，又便于麦株的天敌向棉株转移，加强了棉田的调节自控能力。七星瓢虫、草蛉等为蚜虫的天敌，当天敌总数与棉蚜数为1：40时，基本可以控制其危害，天敌较少蚜虫数量大时应及时开展化学防治。
1.农业防治。在耕作制度上，尽量实行轮作、避免连作。在前一茬蔬菜收获后，要及时翻耕晒垄，清除田间杂物，以减少蚜虫源。蚜虫喜食碳水化合物，在蔬菜栽培过程中，要多施用腐熟的农家肥，尽量少用化肥，尤其不能一次性施肥过多，避免蔬菜叶片过于浓绿和徒长。如果植株体内碳水化合物骤增，蚜虫就会在短时间内暴发成灾。
2.天敌治蚜。蚜虫的天敌种类很多，主要有七星瓢虫、异色瓢虫、草蛤、食蚜蝇及蚜真菌，注意保护这些有益的天敌并加以利用，即可消灭大量蚜虫，将蚜虫的种群控制在不足以造成大面积为害的数量之内。当田间蚜虫不多而天敌有一定数量时，不要施用农药，以免伤害天敌、破坏生态平衡。当蚜虫为害达到防治指标需要用药时，也应在植株的受害部位用药，如植株的生长点、嫩叶、幼茎、叶背等，做到有的放矢，充分保护天敌。
1、生物农药。用0.65%茼蒿素水剂800-1000倍液喷雾，兼治瓜叶螨;用1.8%阿维菌素乳油(商品名：阿巴丁、爱福丁、害极灭等)3000-4000倍液喷雾，既防治蚜虫又防白粉虱;也可用2.5%鱼藤精乳油600-800倍液或1%苦参素乳油500倍液喷雾。
2、化学药剂。可选用20%吡虫啉乳油(商品名：大功臣、一遍净、蚜虱净等)1500倍液、20%丁硫克百威乳油(商品名：好年冬〕1000-1500倍液、3%乙虫脒乳油(商品名：莫比朗)15-20毫升/亩，兼治瓜蓟马;其他还有80%敌敌畏乳油150-200克/亩、3%阿维.高氯氟氰乳油(商品名：农年丰)20毫升/亩、连续进行叶面喷施2次，每5-7天1次。应交替用药，减少虫抗药性的发生。不宜选用抗蚜威(商品名：辟蚜雾)，对瓜蚜效果不好。
当蚜虫零星发生时，可立即用手直接捏死。如数量较多，可用一些简易妙招除治：
1、用吸剩的烟头3-4个，兑水250克浸泡24小时后取上清液，喷洒在花卉上可杀死蚜虫。
2、把家庭常用的蚊香点燃后挂在植株上，并用塑料薄膜密封8-10分钟，不仅可以消灭蚜虫，也可消灭红蜘蛛。
3、用洋葱克，捣烂后加水500克，浸泡一昼夜，经过滤后喷洒植株2-3次，每次间隔5天，也可防治蚜虫。
4、家庭亦可用风油精稀释成800倍液杀虫，不仅杀死蚜虫的效果好，还有驱蚊作用。 也有人用水冲的方法防治蚜虫，即将花盆倾斜放在自来水下，用手托住枝叶，边冲边旋转花盆，让枝叶各部都冲刷到。需要注意的是，水冲到花蕾时，水流要小。这样冲刷几次，不但可以控制蚜虫危害，而且可以冲去枝叶的灰尘。
