内源治理
多年的污染，加之水土淤积，在水库底部已经形成了一个源源不断排放污染物的内在污染源。水库富营养化的发生，与内源的污染也是息息相关的。目前内源治理的方法也比较多，比如底泥机械清淤、投放药品抑制污染物排放、水库放流后阳光暴晒底泥等。
内源污染，不仅仅表现在底泥排放污染物方面，被污染的水体本身，也是一个污染源。因此，采用引水稀释、水体交换的方法治理水库水体富营养化，在国内外也经常被采用。
生物治理
利用生物治理的方法，如养殖一些虑食性鱼类及食藻微生物，如鲢鱼、草鱼等，利用其食藻治污去除氮磷，也是一种很好的治理方法，可以化害为利，达到去除污染的目的。实验证明.在武汉东湖采用生物治理的方法，当湖水中鲢鱼和鳙鱼的密度达到50 g/ms，能有效控制东湖“水华”现象的产生。
水体富营养化：当湖泊、水库水接纳过多含磷、氮的污水时，水中磷、氮等营养元素过多，使藻类等浮游生物大量繁殖，可形成水体富营养化。
一些人问：水资源被污染的主要原因有哪些?
工业废水包括生产废水和生产污水，是指工业生产过程中产生的废水和废液，其中含有随水流失的工业生产用料、中间产物、副产品以及生产过程中产生的污染物。工业废水是水体主要污染源，它面广、量大、含污染物质多、组成复杂，有的毒性大，处理困难。如电力、矿山等部门的废水主要含无机污染物,而造纸、纺织、印染和食品等工业部门, 在生产过程中常排出大量废水有机物含量很高，BOD5常超过2000毫克/升，有的达30000毫克/升。即使同一生产工序,生产过程中水质也会有很大变化，如氧气顶吹转炉炼钢，同一炉钢的不同冶炼阶段，废水的pH值可在4～13之间,悬浮物可在250～25000毫克/升之间变化。而且这些废水中的有机质，在降解时消耗大量溶解氧，易引起水质发黑变臭等现象。随着采矿和工业活动的增加，重金属的生产和使用也有了很大的增加，导致了湖泊与河流产生严重重金属污染。因处理成本高、投资大，其中工业废水不加处理直接排放，或未达标排放，严重污染了水资源。
1)农田所用化肥的流失，随地表径流进入地面水体中。下渗形成的壤中流，通过土壤进行横向运动，然后排入地表水体中。
2)大气沉降。大气沉降不仅是悬浮颗粒物、有害气体的来源之一，也是氮的来源之～。燃料燃烧时，氮元素以氮氧化物的形式进入空气，随雨雪降落在土壤或水体表面，污染地表水源。
3)水体人工养殖。许多水体既是水源地，又是人工养殖的场所。随着养殖业的发展，人工投放的饵料以及鱼类的排泄物给水体带来了大量的氮磷。目前，国内湖库区人工养殖的饵料系数达3.0~4.0，成为水体富营养化的又一来源。
4)人类活动。由于人类活动，破坏了原来的土壤结构和植被面貌，使得土壤表层裸露，在降雨条件下，散落在库区上游及周边地表上的矿渣、泥沙、磷酸盐等污染物将随地表径流进入水库，成为富营养化的另一来源。
由于生活污水和不少工业废水中均含有磷、氮等营养素。而湖、库水体的水流滞缓，滞留时间又长，十分适宜于植物营养素 的积聚和水生植物的生长繁殖。当湖、库水体中营养素积聚到一 定水平，即会促使水生植物旺盛生长，形成富营养化污染。富营养化的湖泊、水库水体中，在阳光和水温达到最适于藻类繁殖的 季节，大片水面会被藻类覆盖，形成常称的“水花”，它不仅使水带有恶臭，并会遮蔽阳光，隔绝氧向水中的溶解。枯死的藻类沉积水底，又是新生的污染源，它们进行厌氧发酵，使溶解氧消粍殆尽，并会不断释出氮磷，供水生植物作为营养物。如此周而复始在水体中循环，姑终导致湖、库日益淤积变浅，形成沼泽， 最后使湖、库寿终正寝，宣告死亡。当然，这是一个比较缓慢的长期过程。
